Prinsip dasar pemilihan antigen peptida

Untuk mencapai hasil terbaik dalam memproduksi antibodi, perlu merancang peptida antigen secara cermat.
Desainnya harus memenuhi syarat dasar: Selama proses imunisasi, antigen tidak akan menghasilkan respon imun yang berlebihan, namun pada saat yang sama dapat menghasilkan antibodi dengan kemampuan mengikat protein yang diinginkan.
Meskipun desain antigen adalah topik yang sangat kompleks dengan banyak detail yang perlu diperhatikan, berdasarkan akumulasi pengalaman kami, ada beberapa prinsip dasar desain utama yang dapat diberikan sebagai referensi Anda.:

Saat memulai proyek penelitian baru, beberapa sifat dasar protein yang diteliti perlu diklarifikasi, terutama jika mengetahui struktur protein akan sangat membantu dalam memilih daerah pengenalan yang mudah diakses dan dikenali oleh antibodi. Namun, dengan tidak adanya informasi struktural yang tepat (yang sebagian besar merupakan kasus), pemahaman tujuan penelitian mempengaruhi strategi desain peptida. Misalnya: Jika fokus penelitian adalah pada wilayah protein yang berbeda, misalnya terminal C atau ujung N, atau protein dalam keadaan tertentu, seperti fosforilasi, dll., maka polipeptida yang dirancang sesuai dengan urutan yang diperlukan dan antibodi terkait yang dihasilkan seharusnya tidak mengalami banyak kesulitan dalam penerapannya. Namun konformasi protein akan mempengaruhi interaksi antara antibodi dan daerah pengenalannya. Masalah yang mungkin terjadi dalam situasi ini adalah jika pada protein terlipat daerah pengenalan tersembunyi di dalam protein, antibodi tidak akan dapat mengakses daerah tersebut. (Tidak dapat berinteraksi).

Secara umum, daerah pengenalan antigenik yang paling ideal haruslah bersifat hidrofilik, terletak pada permukaan protein, dan dapat berubah bentuk secara struktural. Karena di sebagian besar lingkungan alami, daerah hidrofilik cenderung terkonsentrasi pada permukaan protein, sedangkan daerah hidrofobik sering kali terbungkus di dalam protein. Untuk alasan yang sama, antibodi hanya dapat berinteraksi dengan daerah pengenalan yang terdapat pada permukaan protein. Ketika daerah pengenalan ini memiliki deformabilitas struktural yang cukup untuk berpindah ke posisi di mana antibodi dapat berkontak, maka daerah tersebut akan memiliki afinitas yang tinggi dengan antibodi.

Wilayah kontinu mengacu pada wilayah pengenalan yang terdiri dari rangkaian asam amino berkelanjutan. Kebanyakan antibodi diarahkan pada daerah pengenalan terus menerus. Kemampuan antibodi untuk mengikat daerah dengan afinitas tinggi menunjukkan bahwa urutan ini tidak ada dalam protein. Daerah pengenalan terputus-putus mewakili urutan polipeptida dengan lipatan tertentu, atau daerah pengenalan antibodi yang menghubungkan dua polipeptida terpisah. Dalam beberapa kasus, antibodi terhadap daerah pengenalan terputus-putus juga dapat diproduksi, tetapi polipeptida antigen yang digunakan untuk imunisasi harus memiliki struktur sekunder yang mirip dengan daerah pengenalan terputus-putus, dan panjang rangkaiannya harus memenuhi persyaratan yang relevan.

Untuk menghindari risiko daerah pengenalan tersembunyi di dalam protein, kami biasanya menyarankan untuk memilih antibodi yang sesuai dengan N, C yang diproduksi di kedua ujungnya. Karena pada protein utuh, N,C Kedua ujungnya biasanya terekspos pada permukaan protein. Namun, penting untuk dicatat bahwa protein membran C ujungnya terlalu hidrofobik dan tidak cocok sebagai antigen.

Secara umum, kami merekomendasikan panjang urutan polipeptida antigen antara 8-20 residu asam amino. Jika terlalu pendek, ada risiko peptida menjadi terlalu istimewa dan afinitas (kemampuan mengikat) antara antibodi yang dihasilkan dengan protein alami tidak cukup kuat. Demikian pula, jika panjang urutan melebihi 20, struktur sekunder dapat masuk dan antibodi yang dihasilkan dapat kehilangan spesifisitasnya. Selain itu, semakin panjang rantai peptida, semakin sulit untuk disintesis, sehingga sulit untuk mendapatkan produk dengan kemurnian tinggi.

Prinsip dasar: Tambahkan protein pembawa ke ujung yang jauh dari daerah pengenalan antibodi, yang tidak termasuk dalam urutan. Cys Dalam kasus ujung N atau C ditambah Cys Metode pilihan untuk penautan silang.

MacVecforTM; DAN bintang TM; PC-Gen TM